Theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế số: 38/2019/QH14 quy định về cách Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì:
1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ.
2. Trường hợp người nộp thuế yêu cầu hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì cơ quan quản lý thuế phải ra quyết định hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa hoặc có văn bản trả lời nêu rõ lý do không hoàn trả trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản yêu cầu.
3. Không hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh khoản số tiền nộp thừa trên sổ kế toán, trên hệ thống dữ liệu điện tử trong các trường hợp sau đây:
a) Cơ quan quản lý thuế đã thông báo cho người nộp thuế về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả nhưng người nộp thuế từ chối nhận lại số tiền nộp thừa bằng văn bản;
b) Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan thuế, đã được cơ quan quản lý thuế thông báo về số tiền nộp thừa trên phương tiện thông tin đại chúng mà sau 01 năm kể từ ngày thông báo, người nộp thuế không có phản hồi bằng văn bản yêu cầu hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với cơ quan quản lý thuế;
c) Khoản nộp thừa quá thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước mà người nộp thuế không bù trừ nghĩa vụ thuế và không hoàn thuế.
4. Trường hợp người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh có tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ.
5. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định thẩm quyền, thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại Điều này.
Theo hướng dẫn tại điều 25 của Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn về cách Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì:
1. Người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi là khoản nộp thừa) theo quy định tại khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn trả như sau:
a) Bù trừ khoản nộp thừa với số tiền thuế còn nợ, tiền chậm nộp còn nợ, tiền phạt còn nợ (sau đây gọi là khoản nợ) hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phát sinh phải nộp của lần tiếp theo (sau đây gọi là khoản thu phát sinh) trong các trường hợp:
a.1) Bù trừ với khoản nợ của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa.
a.2) Bù trừ với khoản thu phát sinh của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa.
a.3) Tổ chức trả thu nhập có số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm a.1, a.2 khoản này. Số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi quyết toán được xác định bằng (=) số thuế nộp thừa của cá nhân uỷ quyền quyết toán trừ (-) số thuế còn phải nộp của cá nhân uỷ quyền quyết toán; tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm trả cho cá nhân uỷ quyền quyết toán số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi tổ chức chi trả quyết toán thuế thu nhập cá nhân.
a.4) Bù trừ với khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách của người nộp thuế khác khi người nộp thuế không còn khoản nợ.
a.5) Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa bằng ngoại tệ thuộc trường hợp khai thuế, nộp thuế bằng ngoại tệ quy định tại Điều 4 Thông tư này khi thực hiện bù trừ phải quy đổi sang đồng Việt nam theo tỷ giá bán ra đầu ngày của Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam tại thời điểm xác định số thuế nộp thừa để bù trừ.
b) Hoàn trả, hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách
Người nộp thuế có khoản nộp thừa sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại điểm a khoản này mà vẫn còn khoản nộp thừa hoặc không có khoản nợ thì người nộp thuế được gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả hoặc hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều 42 Thông tư này. Người nộp thuế được hoàn trả khoản nộp thừa khi người nộp thuế không còn khoản nợ.
c) Thời điểm xác định khoản nộp thừa để xử lý bù trừ hoặc hoàn nộp thừa:
c.1) Trường hợp người nộp thuế tự tính, tự khai và tự nộp thuế theo số thuế đã kê khai, thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước khi nộp hồ sơ khai thuế thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế, nếu có hồ sơ khai bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai bổ sung.
c.2) Trường hợp người nộp thuế xác định nghĩa vụ thuế theo Thông báo nộp tiền của cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước ngày thông báo thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành thông báo nộp tiền của cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền, nếu có thông báo điều chỉnh, bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành thông báo điều chỉnh, bổ sung.
c.3) Trường hợp người nộp thuế nộp tiền theo Quyết định của cơ quan thuế, Quyết định hoặc Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước ngày Quyết định hoặc Văn bản thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành Quyết định hoặc Văn bản, nếu có nhiều Quyết định hoặc Văn bản thì thời điểm xác định khoản nộp thừa được căn cứ vào Quyết định hoặc Văn bản cuối cùng.
c.4) Trường hợp người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước nhưng sau đó thực hiện theo Bản án, Quyết định của Toà án thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày Bản án, Quyết định có hiệu lực.
2. Trình tự, thủ tục bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
a) Người nộp thuế có khoản nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm a.1, a.2, a.3 khoản 1 Điều này thì không phải gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa đến cơ quan thuế. Cơ quan thuế thực hiện tự động bù trừ trên hệ thống quản lý thuế theo quy định về kế toán nghiệp vụ thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này và cung cấp thông tin cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 69 Thông tư này.
b) Người nộp thuế có khoản nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm a.4 khoản 1 Điều này thì gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa, gồm: Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/DNXLNT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này và các tài liệu liên quan (nếu có) đến cơ quan thuế có thẩm quyền xử lý khoản nộp thừa quy định tại khoản 3 Điều này.
c) Cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận, giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế theo quy định tại khoản 3 Điều này. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan thuế đối chiếu khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế:
c.1) Trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện bù trừ khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo đề nghị của người nộp thuế và thông báo cho người nộp thuế có khoản nộp thừa đề nghị bù trừ và người nộp thuế có khoản nợ, khoản thu phát sinh được bù trừ biết theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.
c.2) Trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không thuộc trường hợp bù trừ khoản nộp thừa theo quy định tại khoản 1 Điều này thì cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.
Trường hợp đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế, cơ quan thuế ban hành Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP gửi cho người nộp thuế để giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin của người nộp thuế không tính vào thời gian giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của cơ quan thuế. Sau khi nhận được thông tin giải trình, bổ sung của người nộp thuế, trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm c.1 khoản này.
Quá thời hạn giải trình, bổ sung theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hoặc người nộp thuế có giải trình, bổ sung nhưng khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế thì cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.
3. Thẩm quyền xử lý bù trừ khoản nộp thừa của cơ quan thuế
